手指是笛子演奏的一个极其重要的一部分，手指的的灵活性将直接影响到演奏的旋律的流畅性。在谈指法之前，我们需要注意手持笛子是否正确，这将会影响到以后的训练，对初学者更为重要。持笛的方法有两种，一种是左面手持笛子，还有一种是右面手持笛子，一般都是大拇指和小指托住笛子的管身，一般有四个指点，在演奏中有时需要临时改变，在这样的情况下其支点不能少于三个，如少于三个点支点，就会造成拿笛不稳，在演奏中笛子管身会往内或者往外偏，引起音不准的现象。
初学者在用手指按孔时，要时刻注意养成一个良好的习惯，一般的情况下，按指法孔都是用手指的手指肚的部位来按住笛子的指法孔，不宜用指尖按孔，因为指尖按孔不严实，容易漏气，也不雅观，也不宜用手指的第二关节按孔，需然这样容易按满孔位，但是不好的是手指与手指之间的距离拉不开，如需要演奏比较大或者比较的笛子都是不方便，较适宜的位置应该是第一节的螺纹处。
在初步的认识了解指法情况下，就要注意手指的灵活运指的方法，一般的情况下，在笛子演奏时，活动的手指要放松，而不活动的手指则要具有一定的紧张度，否则会造成笛子管身不稳而影响演奏。在手指的运指中，不能依靠和借助手背和手腕的力量，会造成指法僵硬、不灵活、发音呆板等想象。除了一些特殊的技巧的演奏外，可以用手腕和小臂，例如滑音、揉音就需要手腕直接带动手指，又如飞指的演奏需要小臂直接带动手指。
基础手指运指训练时期，需要强调训练的扎实，特别的是手指的初期的训练，需要一定量的功能性的练习，对枯燥单调的练习曲，不能缺乏信心，要严格、准确地照练习要求做，追求每一次的准确，达到一定的准确性后，再经一步地训练熟练性，一般情况下，指法训练能够达到这两点，在以后遇到复杂音型和色彩性的旋律就能顺利地通过了。在手指的运指的训练的时候可以留意一下，哪些练习曲可作为以后的每日练习，在一些练习曲上已标明，但每个人的生理条件不同，遇到的情况也有所不同，还是主张以自己的针对性的选择为主。
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